王寶強受傷
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北京時間2015年3月24日下午1:30左右，王寶強在《真正男子漢》炮兵站獨木橋大作戰環節的錄製中，因被劉昊然推下獨木橋時不慎扭傷右腿，而被緊急送往衛生隊接受治療，節目拍攝被迫中止[7]。隨後，王寶強被送往附近的醫院進行檢查，檢查結果被確定為右腿骨折，需進行進一步治療。當天下午5點，王寶強返回衛生隊，在與其他戰友告別後，王寶強決定暫時退出《真正男子漢》的錄製，返回北京接受進一步治療。4月27日，王寶強拄拐回歸《真正男子漢》坦克兵站的錄製。
疑涉軍事機密延播
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北京LCR公司總裁稱，《真正男子漢》因可能涉及軍事機密，而當局審查時間又過於冗長，遲遲不能結束，導致節目首播被迫延遲[3][4]。
節目真實性遭質疑
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北京時間2016年10月28日下午5:30左右，孫楊在自己的個人微博發文稱，真人秀關鍵在於按照劇本演，當他在節目中認真做自己的時候，卻被節目組一而再再而三地忽悠，疑似質疑節目環節設計的真實性，然而此微博在發布不久後便被刪除[8]。
沈夢辰因違紀被停飛處理
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在2016年12月16日播出的第二季第九期節目中，沈夢辰被安排與孫楊一組，黃子韜被安排與佟麗婭一組，兩組需進行一場長僚機協同作戰對抗賽，比賽結束後成績墊底的學員將被淘汰，無緣接下來的飛行實踐。由於沈夢辰、孫楊組在比賽中優勢較為明顯，而佟麗婭則受身體素質所限，根本無法完成比賽。沈夢辰為避免佟麗婭被淘汰，所以在比賽過程中拖住孫楊，從而阻止孫楊走向終點。
沈夢辰的這一做法雖合乎人之常情，但是卻違反了部隊紀律，組織對此高度重視。隨後，空一師召開緊急會議，政治處主任王子男在會上宣布命令，依據《紀律條令》和《飛行員管理規定》，對沈夢辰作停飛處理，以觀後效[9]。
節目首播後，佟麗婭在自己的個人微博上表達了對沈夢辰的感激，而沈夢辰也為自己的行為進行了道歉。不少網友對沈夢辰在節目中的表現表示批評，但也有部分網友對沈夢辰的真性情表示理解。